Trong tiểu thuyết thần thoại Phong thần diễn nghĩa Nguyên Thủy Thiên Tôn đóng vai chính diện, bị Thân Công Báo làm rạn nứt cảm tình của Tam Thanh. Nguyên Thủy Thiên Tôn vị Thánh Nhân sáng lập ra Xiển giáo, một giáo phái nơi mà tín đồ là các đạo sĩ tu chân học đạo tọa lạc tại Ngọc Hư Cung - Côn Luân Sơn, đó là một chốn thần tiên quanh năm được sương mù bao phủ. Giai đoạn mà người ta biết đến ông là cuối đời nhà Thương (商) năm 1030 TCN, đời vua thứ 30 Đế Tân tức Trụ Vương, ông là người trao bảng Phong thần cho Khương Tử Nha giúp nhà Chu đánh dẹp nhà Thương.

Đây là một nhân vật hư cấu trong bộ tiểu thuyết Phong thần diễn nghĩa, ông đứng sau chỉ dẫn đệ tử, thúc đẩy quá trình phân tranh giữa hai nước Chu - Thương, đóng vai trò Giáo Chủ trong phái Xiển giáo, dẫn dắt các đệ tử trên con đường tu đạo.

Tồn tại cùng với Xiển giáo của Nguyên Thủy Thiên Tôn là Triệt giáo do Thông Thiên giáo chủ thành lập, đây là một giáo phái tương tự như Xiển Giáo. Ngày trước hai vị giáo chủ và sư huynh Lão Tử đều học cùng một thầy là Hồng Quân Lão Tổ, nhưng vì Xiển - Triệt hai phái có giáo lý mâu thuẫn nhau nên đi theo con đường riêng mà hình thành hai đạo phái khác nhau. Tất cả thành viên trong giáo phái do ông chỉ định đều có nhiệm vụ chống lạ các đệ Xiển Giáo phò trợ Tây Bá Hầu Cơ Xương cùng các chư hầu trong chinh phạt Trụ và đó cũng cuộc chiến tranh của các thần tiên vào khoảng 1000 năm TCN.

Nguyên Thủy Thiên Tôn ban cho đệ tử Khương Tử Nha Phong Thần Bảng và Đả Thần Tiên và căn dặn xây đài phong thần để tiếp đón linh hồn các chiến sĩ đã tử trận, phong thần tùy theo công trạng. Người sư đệ của Khương Tử Nha là Thân Công Báo cũng đã dùng nhiều thủ đoạn cản trở nhưng gặp thất bại.

Khi Khương Tử Nha gặp nạn tử trận, ông cũng dùng phép hồi sinh cứu Khương Tử Nha sống lại thoát khỏi nạn kiếp và tiếp tục sứ mệnh của mình.

Trong trận chiến cuối cùng với Thông Thiên Giáo chủ, Nguyên Thủy Thiên Tôn đã toàn lực vận động các đạo nhân Ngọc Hư Cung chiến đấu tới cùng và đã thành công đẩy lùi thế lực của Triệt Giáo.

Ngoài ra

Truyện Phong Thần nêu tên nhiều vị Thần tiên Đạo giáo, Phật, Bồ Tát trong Phật giáo trước là đồ đệ của Nguyên Thủy Thiên Tôn sau phản giáo mà ra. Còn Thái Thượng Lão Quân cũng tức là Đạo Đức Thiên Tôn đại sư huynh của Nguyên Thủy Thiên Tôn, Thông Thiên Giáo Chủ là tiểu sư đệ.